2017年正式通车的蒙内铁路穿越内罗毕国家公园、察沃国家公园等野生动植物保护区。为减少对环境的影响,铁路在设计和建设过程中采取了一系列措施。
在调研野生动物生活习性和迁移路径的基础上,蒙内铁路全线共设置大型野生动物通道14个、桥梁79座。所有桥梁式动物通道净高均在6.5米以上,方便大象和长颈鹿等大型动物通行。线路两侧设置隔离栅栏,防止动物通过,减少动物与列车相撞几率。横跨内罗毕国家公园的特大桥安装声屏障,以降低列车通过时的噪音。为了尽量减少铁路对蒙巴萨红树林的影响,项目设计施工时采取了绕行红树林等多项保护措施。诸多措施都是中国工程建设尊重自然、顺应自然、保护自然的生动体现。